--Resumiendo, algunas de sus diferencias son:
-El G.E.O. actúa en TODO EL TERRITORIO NACIONAL siempre que se requiera su presencia y esta sea autorizada por el Director Adjunto Operativo, mientras que un G.O.E.S. actuará solo en su demarcación territorial cuando sea requerido y será autorizada su intervención por el Inspector de Servicios de la Jefatura Superior donde presten sus servicios.
-El G.E.O. realiza un curso de formación de siete meses mientras que el curso de acceso a G.O.E.S. dura seis semanas
-El G.E.O. debe actuar siempre en determinados supuestos, como asalto a embarcaciones, (ya sea en alta mar o en aguas nacionales), secuestro de aeronaves, tomas de rehenes, neutralización de terroristas o delincuentes armados o peligrosos, actuaciones subacuaticas, colaboración con unidades extranjeras (a nivel formativo y operativo), protección o/y evacuación de delegaciones diplomáticas en países conflictivos, etc...
Los G.O.E.S. actuarán en supuestos en los que se necesite su especial preparación, si son requeridos y autorizados para hacerlo, siempre que no se trate de una competencia exclusiva del G.E.O., en cuyo caso se desplazarán al lugar en cuestión y procederán a asegurarlo hasta la llegada de efectivos del G.E.O.
-En la actualidad el G.E.O. presta servicio de protección (estática y dinámica) en Irak y Afganistán, habiéndolo hecho en fechas muy recientes en Congo, Venezuela, Costa de Marfil, Haití y Argelia. Y en toda su historia en otros muchos más países.
Los G.O.E.S. no tienen entre sus funciones la protección de embajadas de ningún tipo, no obstante debido a la especial preparación que tienen, y a la peligrosidad que entraña la permanencia de la Embajada Española en Bagdad unido a la imposibilidad de destacar un número mayor de operativos del G.E.O. a este lugar, se solicitó en su día, una lista de voluntarios de todos los G.O.E.S. de España como apoyo a los operativos del G.E.O. destacados en Bagdad (y solo en Bagdad) con funciones de protección estática de la cancillería española y apoyo al equipo de protección del G.E.O.
-El G.E.O. depende orgánica y funcionalmente de la Dirección Adjunta Operativa, mientras que los G.O.E.S. dependen de su Jefatura Superior a nivel orgánico y funcional, y están bajo la dirección técnica del G.E.O.
Estas son algunas diferencias entre el G.E.O. y los G.O.E.S., existen muchas más, como el sueldo...

, pero con ésto puedes hacerte una idea.